La microscopia confocale consente di visualizzare delle «porzioni» molto sottili di cellule o organismi viventi discriminando la loro altezza sulla linea di mira. Questo metodo facilita le osservazioni dinamiche ad alta risoluzione delle cellule, in particolare di quelle viventi. I laser vengono impegati in microscopia confocale per eccitare i fluorofori e i reagenti iniettati nelle cellule o negli organismi esaminati. Il fascio analizza i campioni in una configurazione confocale e viene rilevata la fluorescenza attraverso un'apertura confocale, il che conferisce una risoluzione molto alta. Una variante consiste nel far passare il laser attraverso un disco rotante perforato. Negli strumenti più moderni, alcuni raggi laser analizzano direttamente il campione, aumentando così la velocità di cattura dell'immagine ma le sorgenti devono essere molto più potenti. 

La qualità del laser a eccitazione, unita al rumore contenuto e alla varietà delle lunghezze d'onda disponibili sono caratteristiche da prendere in considerazione nella scelta del sistema. I laser DPSS di Cobolt sono particolarmente adatti a tali sistemi nonché alla strumentazione dedicata al General Scanning.

Altre tecniche in questo campo sono:

• la TIRF (Total Internal Reflection Fluorescence),
• la FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching)
• la FCS (Fluorescence Correlation Spectroscopy)

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